מכון הגאונים הוא מיזם חינוכי המתמחה בהוראת השפה העברית, עם דגש מיוחד על אוכלוסיות כמו תושבי מזרח ירושלים ובוגרי אוניברסיטאות מחו"ל. המכון מציע מגוון קורסים אינטנסיביים ומותאמים אישית, המשלבים גישה מעשית עם לימוד אקדמי. התוכניות מכוונות למטרות שונות, החל משיפור יכולות הדיבור ועד להכנה למבחנים ספציפיים כמו מבחן יע"ל, בחינות למשפטנים ואנשי רפואה. המכון שם דגש על שיטות הוראה חדשניות ואפקטיביות, המותאמות לצרכים הייחודיים של כל קבוצת לומדים במטרה לקדם את השתלבותם המקצועית והחברתית של הלומדים בחברה הישראלית ולהסיר את חסמי השפה בפניהם. נכון המכון הכשיר מעל 300 רופאים, אחים ואחיות, ועורכי דין ממזרח ירושלים ושילב אותם בשוק התעסוקה הישראלי.